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　制定出入境卫生检疫监督管理规章制度并组织实施；负责出入境卫生检疫查验、传染病监测、卫生监督、卫生处理的监督管理工作；负责口岸突发公共卫生事件、核生化恐怖事件的应对工作；组织实施卫生检疫行政审批工作。

　制定出入境动植物及其产品检验检疫监督管理规章制度并组织实施；负责出入境动植物及其产品的检验检疫和监督管理工作；负责出入境旅客携带物、邮寄物的检验检疫管理工作；组织实施动植物及其产品检疫行政审批工作。

　制定进出口食品、化妆品检验检疫监督管理规章制度并组织实施；负责进出口食品、化妆品的检验检疫和监督管理工作；承担进出口食品、化妆品风险分析和紧急预防措施工作；组织实施进出口食品、化妆品检验检疫行政审批工作。

　制定机电、轻纺、化矿等相关进出口商品检验监督管理规章制度并组织实施；负责进出口商品检验和监督管理工作；负责进出口商品检验鉴定机构和人员的管理；组织实施进出口商品检验行政审批工作。

　制定口岸及特殊监管区域、检务、原产地证等业务监督管理制度并组织实施；负责出入境检验检疫报检、签证、通关放行及业务流程的监督管理工作；负责出入境证单、签证业务印章、封识标志、原产地证和计费的管理工作；负责电子报检数据的审核、检验检疫业务布控工作；组织提出口岸设施的规划布局方案；承担报检单位及报检员的监督管理工作。

　制定认证认可监督管理规章制度并组织实施；负责出口食品生产企业卫生备案登记、强制性认证产品认证的监督管理工作；承担认证机构的监督管理工作、认证体系和认证有效性监督检查工作。